Les refuges séparent les gens d’après le sexe qu’ils avaient à la naissance (femme ou homme), ce qui représente un énorme problème et un danger pour bon nombre de FTM lorsqu’ils restent dans les refuges ou essaient d’en trouver un. Les fournisseurs de refuges pour hommes disent qu’ils ne sont pas capables de desservir les FTM de manière sécuritaire, et les refuges pour femmes sont considérés comme étant une alternative non appropriée. De par ces faits, les FTM n’ont pas de choix sécuritaire à leur disposition lorsqu’ils doivent avoir recours à un refuge.